Lưu lượng trung bình của Hạ Tunguska đứng thứ 11 trong số các sông lớn nhất nước Nga. Lưu lượng trung bình tại cửa sông là 3.680 m³/s. Lưu lượng nhỏ nhất từng quan sát được là vào năm 1967 bằng 2.861 m³/s, và lớn nhất là 4.690 m³/s năm 1974 hay tương ứng tại cửa sông là ~3,093 m³/s và ~5,070 m³/s. Nguồn nước của sông xuất phát từ tuyết tan và các cơn mưa mùa hè. Vào mùa đông, Hạ Tunguska có ít nước do lưu vực sông nằm trong khu vực đất đóng băng vĩnh cửu và không có nguồn nước ngầm. Theo các quan sát về thủy học trong 52 năm, dung tích trung bình hàng tháng thấp nhất là 27,8 m³/s vào tháng 3 năm 1969 — một mùa đông khác thường — và lớn nhất là vào tháng 6 năm 1959 với 31.500 m³/s.[5] Biểu đồ bên dưới bao gồm giá trị dung tích trung bình tháng dựa trên quan sát trong suốt 52 năm tại trạm thủy học "Bolshoy Porog".[5][6]

73% tổng lưu lượng trung bình của sông là vào mùa xuân-hè.[1] Độ lớn của mực nước tại hạ du Hạ Tunguska rất cao và là cao nhất trong số các dòng sông nổi tiếng tại Nga. Các khu vực hẹp của lòng sông bị các đập bằng băng chắn theo mùa và điều này ngăn cản dòng nước chảy khiến mực nước lên tới 30–35 m trên mức trung bình. Việc tan băng và băng trôi vào mùa hè diễn ra một cách mãnh liệt.[2] Vào một vài này trong mùa xuân dòng nước có thể dâng đột ngột với 74.000-112.000 m³/s và chiếm tới 50-60% tổng dung tích tại hạ du của sông Enisei trong thời gian ngập lụt theo mùa.[7][8]